菌种是微生物的 “物种” 分类单元，菌株是同一菌种下的具体 “个体 / 群体” 分离物，具有遗传差异性。

1. 定义与层级差异

• 菌种：是微生物分类的基本单位，指形态、生理生化特性、遗传特征高度相似的微生物群体集合，相当于 “物种” 概念（如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌）。

• 菌株：是从自然界分离、实验室培养获得的同一菌种的具体纯培养物，同一菌种可包含无数菌株（如大肠杆菌 DH5α、大肠杆菌 O157:H7）。

2. 核心区别要点

• 遗传关系：同一菌种的不同菌株遗传背景相近，但存在细微差异（如基因片段缺失、质粒携带不同）；不同菌种的遗传差异显著。

• 表型差异：同一菌种的菌株可能在毒力、耐药性、代谢产物产量等表型上不同；菌种则强调核心表型的一致性。

• 命名方式：菌种有标准学名（如 Staphylococcus aureus）；菌株通常在菌种名后加编号或字母（如 Staphylococcus aureus ATCC 25923）。

3. 实际应用场景

• 菌种：用于微生物分类鉴定、基础研究中的 “物种定位”，是宏观分类范畴。

• 菌株：用于具体的实验研究、工业生产（如发酵菌株）、临床检测（如耐药菌株筛查），是微观应用范畴。